Podczas prac w prezbiterium przy adaptacji posadzki, aby przenieść tam ołtarz soborowy doszło do nieoczekiwanego odkrycia. W najwyższym stopniu, tuż przy tabernakulum ukazało się wąskie wejście do krypty pod prezbiterium. Skoro ołtarz główny naszej bazyliki powstał w 300 Rocznicę powstania Parafii, czyli w 1693 roku, to należy sądzić, że od tamtego czasu to wejście było zakryte. Wstępny rekonesans wykazał, że w krypcie znajdują się kości zapewne zakonników Stróżów Bożego Grobu w Jerozolimie zwanych potocznie bożogrobcami, bądź miechowitami. Krypta jest zapewne najstarszą częścią bazyliki – z I połowy XV w. (początek budowy bazyliki to 1430 r.). Przez środek prowadzi korytarz  z gotyckiej cegły, na glinianej i wapiennej  zaprawie z półkolistym sklepieniem. Po obu stronach korytarza znajdują się nisze, w których widać resztki kości pochowanych tam zakonników. Wojewódzki Urząd Ochrony Zabytków, do którego trafiło zgłoszenie o odkryciu wyda stosownę decyzje co do dalszych prac badawczych w krypcie.